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  • Sebastián Ayala Ruano

RSG-Ecuador:un esfuerzo por contribuir con el desarrollo de la Bioinformática en el país y la región

Hoy en día es común escuchar que estamos en la era del “Big Data”, debido a la inmensa cantidad de datos generados en términos de volumen, velocidad y variedad. La Biología es parte de este cambio, lo que ha sido posible debido a nuevas tecnologías para obtener datos experimentales, el aumento de la capacidad de almacenamiento y procesamiento computacional, la reducción de los costos asociados a estos procedimientos, entre otros. Desde el año 2008 se ha visto que la cantidad de información genómica del mundo se ha duplicado cada 7 meses, y se estima que para el año 2025 se generarán entre 2–40 exabytes (1 exabyte = 1 millón de terabytes) de información solamente en el área genómica.



En este contexto entra en juego la Bioinformática, que se refiere al desarrollo y uso de algoritmos computacionales para entender procesos biológicos y estudiar la inmensa cantidad de información generada en Biología. No obstante, los datos que se generan actualmente superan la capacidad de análisis, por lo que existe una gran cantidad de información que se puede usar para crear nuevo conocimiento. Así, esta área de investigación juega un rol fundamental en países como Ecuador, donde los recursos para investigación son limitados y no se tiene acceso a equipos, reactivos y otras necesidades para desarrollar estudios de laboratorio. Además, la Bioinformática juga un rol fundamental en diferentes áreas como la agricultura, medicina y otros temas.



Sin embargo, la Bioinformática no ha sido un área de investigación que se ha potencializado en el país. De acuerdo a una revisión sobre la Bioinformática en América Latina en la que se obtuvieron datos del número de publicaciones sobre este tema de 20 países de la región, información obtenida de las base de datos Web of Science en el período de 1991-2016, en Ecuador se publicaron 15 artículos (0.71% del total de investigaciones publicadas en Latinoamérica durante este período). Además, en el estudio se realizó una normalización considerando la población de cada país y el porcentaje del producto interno bruto invertido en desarrollo e investigación, obteniendo para Ecuador un índice de 0.72, lo que nos ubicó en el puesto 18 a nivel regional. En otro estudio se hizo un análisis similar pero a nivel mundial, considerando el número de publicaciones de Bioinformática de la Web of Science disponibles hasta el 2019. En este período se observó que en Ecuador se publicaron 40 estudios. A pesar de que en los últimos tres años casi se ha triplicado el número de publicaciones en esta área de investigación, todavía estamos lejos de los estándares de otros países de la region y el mundo.



Como un esfuerzo para aportar con el desarrollo de la Bioinformática en el país, hace tres meses creamos el Grupo de Estudiantes de Biología Computacional del Ecuador, parte del Consejo Estudiantil de la Sociedad Internacional de Biología Computacional (ISCB-SC por sus siglas en inglés). Esta iniciativa busca promover el desarrollo de la Bioinformática en el país mediante la organización de eventos, talleres y otras actividades que permitan a los estudiantes interesados aprender sobre este tema.

De momento, el grupo está formado por quién escribe, Sebastián Ayala y Juan Zurita, estudiantes de Ingeniería en Biotecnología de la Universidad San Francisco de Quito (USFQ) así como Stellamaris Sotomayor, Bióloga de la Universidad Técnica Particular de Loja. Nuestros tutores son Miguel Ángel Méndez, Profesor Agregado USFQ y Vinicio Armijos, Profesor Agregado Universidad de las Américas. Además, contactamos con investigadores de diferentes universidades del país que forman el comité directivo, y hace un mes abrimos la convocatoria para estudiantes que quieren unirse al grupo. De esta forma, hemos tratado de generar una red local con estudiantes e investigadores de diferentes universidades del país interesados en Bioinformática.


Además, hemos tratado de comprender la situación de esta área de investigación en el Ecuador. Para esto, realizamos una encuesta para explorar los intereses y formación académica de estudiantes universitarios e investigadores ecuatorianos que conocen o desean aprender sobre este tema. Hemos tenido alrededor de 250 respuestas de personas de todo el país. Algunos de los resultados preliminares han sido que la mayor parte de encuestados tienen formación académica en ciencias biológicas; los temas de Bioinformática con más experiencia son Filogenética y Genómica; hay interés en aprender sobre Bioinformática estructural, redes biológicas y circuitos genéticos; hay un nivel medio de experticia en lenguajes de programación, software bioinformático y bases de datos relacionadas con este tema; y existe inconformidad respecto a la enseñanza de Bioinformática en cursos de nivel universitario.



Otro proyecto en el que estamos trabajando es un podcast con temas de interés en Bioinformática. Actualmente estamos editando dos episodios, el primero sobre el RSG-Ecuador, nuestros objetivos y las actividades que hemos planeado; y el otro episodio sobre la situación actual de la Bioinformática en Ecuador, en el que hablamos con Francisco Flores, Profesor Agregado de la Universidad de las Fuerzas Armadas-ESPE. Pronto compartiremos por nuestros medios de difusión estos recursos.

Un aspecto esencial del grupo ha sido la colaboración con otros RSGs de la región. Desde el inicio, tuvimos el apoyo de integrantes de los grupos de Colombia y Argentina para crear esta inciativa. Debido a esto, hemos participando en la organización del 4to Simposio del Consejo Estudiantil Latinoamericano (LA-SCS) junto a miembros de los RSGs de Perú, Chile, Colombia, Argentina y Venezuela, mismo que tiene como objetivo mostrar las investigaciones en Bioinformática desarrolladas en Latinoamérica y expandir esta comunidad en la región.


De esta forma, a través del RSG-Ecuador queremos contribuir con el desarrollo de la Bioinformática en el país, brindar oportunidades de formación a estudiantes y contribuir con la creación de una comunidad con todos los interesados en este tema. Esperamos que este esfuerzo ayude a que más personas observen el potencial de la Bioinformática, y que con esto podamos contribuir con la solución de problemáticas locales para el desarrollo del país.


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Referencias

Chasapi, A., Promponas, V. J., & Ouzounis, C. A. (2020). The bioinformatics wealth of nations. Bioinformatics, 36(9), 2963-2965. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa132


De Las Rivas, J., Bonavides-Martínez, C., & Campos-Laborie, F. J. (2019). Bioinformatics in Latin America and SoIBio impact, a tale of spin-off and expansion around genomes and protein structures. Briefings in Bioinformatics, 20(2), 390-397. https://doi.org/10.1093/bib/bbx064


Gharajeh, M. S. (2018). Chapter Eight—Biological Big Data Analytics. En P. Raj & G. C. Deka (Eds.), Advances in Computers (Vol. 109, pp. 321-355). Elsevier. https://doi.org/10.1016/bs.adcom.2017.08.002


Pal, S., Mondal, S., Das, G., Khatua, S., & Ghosh, Z. (2020). Big data in biology: The hope and present-day challenges in it. Gene Reports, 21, 100869. https://doi.org/10.1016/j.genrep.2020.100869


Stephens, Z. D., Lee, S. Y., Faghri, F., Campbell, R. H., Zhai, C., Efron, M. J., Iyer, R., Schatz, M. C., Sinha, S., & Robinson, G. E. (2015). Big Data: Astronomical or Genomical? PLOS Biology, 13(7), e1002195. https://doi.org/10.1371/journal.pbio.1002195


*Imágenes:


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Sebastián Ayala, Juan Zurita, Stellamaris Sotomayor, Miguel Ángel Méndez, Vinicio Armijos (Perfil docente UDLA)

Diana Mollocana, www.nubedepalabras.es


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